User:Jts1882/phylogeny/Fish Tree of Life
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The Fish Tree of Life project[1][2] provides downloadable Newick files for their order and family phylogenies. The cladograms on this page produced using the data in these files with the {{clade}} template and some regular expressions to trim the numerical information and add wikilinks.
Method[edit]
Uses the {{clade}} template with the |newickX= parameter to provide a Newick string. The parameters |newickX-patternY= and |newickX-replaceY= specify a pattern with a replacement string for preprocess the Newick string (X represents the number of the Newick string, Y the number of the operation to apply to that string). The first pattern and replacement remove the numbers after the colon. The second adds a wikilink to the taxon name.
{{clade
|newick1-pattern1=:[%d]+%.[%d]+
|newick1-replace1=
|newick1-pattern2=([%a]+)
|newick1-replace2=[[%1]]
|newick1=FISH_TREE_OF_LIFE_DATA
}}
Example using the order data:
{{clade
|newick1-pattern1=:[%d]+%.[%d]+
|newick1-replace1=
|newick1-pattern2=([%a]+)
|newick1-replace2=[[%1]]
|newick1=(Polypteriformes:368.027041,(Acipenseriformes:333.36982,((Lepisosteiformes:251.2,Amiiformes:251.2):48.943209,((Elopiformes:165.843139,(Anguilliformes:146.0535,(Notacanthiformes:128.347636,Albuliformes:128.347637):17.705862):19.789641):26.939643,((Osteoglossiformes:169.672422,Hiodontiformes:169.672422):17.471963,((Alepocephaliformes:171.108487,(Clupeiformes:165.805142,(Gonorynchiformes:158.176817,(Cypriniformes:142.110586,(Gymnotiformes:124.40688,(Siluriformes:116.06004,Characiformes:116.060038):8.346838):17.703708):16.06623):7.628325):5.303345):6.36875,(Lepidogalaxiiformes:172.157387,((Argentiniformes:158.384449,(Salmoniformes:121.520222,Esociformes:121.520223):36.864226):7.145808,((Stomiatiformes:141.207619,Osmeriformes:141.207618):20.672626,(Galaxiiformes:158.157427,(Ateleopodiformes:149.146565,(Aulopiformes:146.049394,(Myctophiformes:141.995558,((Polymixiiformes:125.926727,(Percopsiformes:119.550085,(Zeiformes:112.30372,(Gadiformes:99.890622,Stylephoriformes:99.890622):12.413099):7.246364):6.376642):12.033509,(Lampridiformes:135.505912,((Beryciformes:124.850407,Holocentriformes:124.850408):4.793566,(Ophidiiformes:122.65368,(Batrachoidiformes:120.167471,((Labriformes:112.838678,((Tetraodontiformes:101.62039,Lophiiformes:101.620388):4.659797,((Acanthuriformes:96.101473,Ephippiformes:96.101474):7.010952,(Spariformes:99.425522,(Incertae_sedis_in_Eupercaria:96.331828,(Uranoscopiformes:92.977695,(Perciformes:92.028374,(Centrarchiformes:90.740466,Pempheriformes:90.740464):1.287908):0.949321):3.354133):3.093696):3.686903):3.167759):6.558493):3.243613,(((Gobiiformes:99.575295,Kurtiformes:99.575295):11.781977,(Syngnathiformes:108.599677,Scombriformes:108.599675):2.757596):3.029696,(((Anabantiformes:94.89388,Synbranchiformes:94.89388):13.184223,((Pleuronectiformes:79.610542,Incertae_sedis_in_Carangaria:79.610542):3.123197,(Carangiformes:75.53813,Istiophoriformes:75.538129):7.195608):25.344365):5.14771,(Mugiliformes:107.660061,(Incertae_sedis_in_Ovalentaria:106.091317,((Cichliformes:98.738035,Pholidichthyiformes:98.738035):6.170613,(Atheriniformes:98.599758,(Cyprinodontiformes:97.3635,Beloniformes:97.363501):1.236257):6.308891):1.182668):1.568745):5.565751):1.161156):1.695324):4.085179):2.48621):6.990293):5.861938):2.454324):4.035323):4.053834):3.097172):9.010861):3.722819):3.650012):6.62713):5.31985):9.667148):5.638398):107.360427):33.22661):34.657221);
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Order phylogeny[edit]
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Family phylogeny[edit]
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References[edit]
- ^ Rabosky, Daniel L.; Chang, Jonathan; Title, Pascal O.; Cowman, Peter F.; Sallan, Lauren; Friedman, Matt; Kaschner, Kristin; Garilao, Cristina; Near, Thomas J.; Coll, Marta; Alfaro, Michael E. (2018). "An inverse latitudinal gradient in speciation rate for marine fishes". Nature. 559 (7714): 392–395. doi:10.1038/s41586-018-0273-1. ISSN 0028-0836.
- ^ Chang, Jonathan; Rabosky, Daniel L.; Smith, Stephen A.; Alfaro, Michael E.; Silvestro, Daniele (2019). "An R package and online resource for macroevolutionary studies using the ray‐finned fish tree of life". Methods in Ecology and Evolution. 10 (7): 1118–1124. doi:10.1111/2041-210X.13182. ISSN 2041-210X.